La institución cuenta con programas académicos como el de Medicina, Maestría en Salud Pública, Bachillerato en Ciencias en Enfermería y el primer y único programa en la isla de Maestría en Médico Asistente, conocido en inglés como Physician Assistant
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La Escuela de Medicina San Juan Bautista, como centro educativo integrado, está enfocada en atender la salud de la comunidad, la realización de investigaciones sobre la medicina comunitaria traslacional y en proveer al país médicos graduados y otros profesionales de la salud que respondan a las necesidades de salud de las poblaciones marginadas.
La institución cuenta con programas académicos como el de Medicina, Maestría en Salud Pública, Bachillerato en Ciencias en Enfermería y el primer y único programa en la isla de Maestría en Médico Asistente, conocido en inglés como Physician Assistant, un programa académico que prepara a profesionales de la salud para ofrecer servicios diagnósticos, terapéuticos, preventivos y de mantenimiento de la salud, delegados y supervisados por un médico supervisor autorizado a ejercer la medicina en Puerto Rico.
Estos programas se enriquecen uno al otro debido a la continua interacción entre ellos, de las múltiples investigaciones científicas y clínicas que allí se realizan, y del Centro Salud y Justicia de Puerto Rico - programa adscrito a la escuela que provee servicios clínicos forenses comprensivos y que está centrado en las víctimas de violencia sexual.
Cumpliendo su misión de brindar servicios a la población de escasos recursos que no cuenta con transportación para trasladarse a sus citas médicas o que no poseen un plan médico, la escuela también cuenta con el Programa de Medicina Comunitaria, a través del cual busca promover una cultura de participación social en todos sus programas mediante la creación de espacios para el aprendizaje, la investigación, el servicio, la educación interprofesional y el refuerzo de la diversidad y la inclusión.
Además, cuenta con una Unidad de Investigación Clínica, donde se realizan investigaciones en el área de tratamientos y servicios de salud, tanto a nivel local como internacional. Los estudios que realiza la Unidad aportan al futuro de la Medicina y proveen a los pacientes participantes la oportunidad de contar con un tratamiento seguro y un seguimiento continuo.
La escuela recién completó la renovación del Graduate Resource Center con equipo de aprendizaje activo, que ofrece a los estudiantes servicios de apoyo en la metodología y el diseño de la investigación, el análisis y el manejo de datos, y los recursos estadísticos y de escritura científica, además del nuevo Laboratorio Virtual de Anatomía, donde los estudiantes utilizan el equipo de disección virtual tridimensional en su modelo más actualizado, de la Anatomage Touch Classic Screen Tables.
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